Биодиверзитет - 1 Флора
Флора
На Шар Планина во моментов се познати 662 видови дијатоми, 1260 видови васкуларни растенија, повеќе од 260 видови мов, 500 габи и 160 лишаи. Шумите кои се среќаваат во паркот се широколисни, иглолисни и мешани. Околу 75% од нив се чисти шуми, се состојат од еден вид дрвја, најчесто букови или дабови. Покрај нив застапени се и други видови како што се: ела, костен, смрека, планински јавор, габер и видови со ендемично и реликтно значење како што се македонскиот бор, муниката, планинскиот јавор итн.
Биодиверзитет - 2 Фауна
Фауна
Шар Планина е дом на голема разновидност на безрбетници, а евидентирани се 56 видови на мекотели и скоро 300 видови лажни скорпиони, пајаци и ракови. Досега се познати вкупно 1847 видови инсекти, од кои повеќе од 900 видови пеперутки, и 160 видови тврдокрилци.
Во слатководните живеалишта потврдени се 5 видови риби, меѓу кои спаѓаат македонската и калифорниската пастрмка. Во овие живеалишта постојат 11 видови водоземци и 17 видови влекачи. Ова претставува 78.5% од видовите на водоземците и 47% од видовите на влекачите од вкупниот број на видови на национално ниво.
Помеѓу 'рбетниците, најбогата група претставена со најголем број видови е онаа на птиците, кои се застапени со 128 видови. Особено се присутни разни птици грабливки и тоа: златен орел, белоглав мршојадец, египетски мршојадец, сив сокол итн. Застапени се вкупно 51 вид цицачи, како што се кафеава мечка, евроазиски (балкански) рис, дива мачка, видра, дива свиња, дивокоза, срна, волк, црвена лисица, јазовец и некои видови куни.
Биодиверзитет - 3 Хидрографија
Хидрографија
Подрачјето на Шар Планина се карактеризира со повеќе од 100 извори и 20 речни сливови, вклучувајќи ги и нивните главни водотеци и притоки, како и многу глацијални езера. Главните речни сливови се сливовите на реките Дуфска, Врутничка, Јеловјанска, Камењска, Уливеричка и реката Пена, и сите се влеваат во реката Вардар. Поголеми глацијални езера се Бозовачкото, Белото Езеро, Боговињското, Караниколичкото, Кривошишкото и Црното Езеро. Голем дел од реките стрмно се спуштаат, а некои од нив (Беловишка, Вратничка, Кривошијска, Лешничка и Боговињска) формираат впечатливи водопади.
Уште во периодот од седумдесеттите години, реките на Шар Планина се користеле за производство на електрична енергија преку системот за собирање на водите наречен „Шарски Води“. Овој систем ја собира водата од голем број на реки и ја транспортира до акумулацијата Маврово и до хидроцентралите Вруток, Равен и Врбен. Оваа инфраструктура обезбедува околу 12% од електричната енергија во РС Македонија и при целосен прекин на електрична енергија, може да ја произведе истата само врз основа на протокот на вода.
Биодиверзитет - 4 Геологија и геоморфологија
Геологија и геоморфологија
Релјефот на Шар Планина е разновиден, главно поради нејзината геолошка разновидност. Планините се карактеризираат со голем број на врвови со надморска височина поголема од 2000 метри. Глацијалниот и флувијалниот релјеф има создадено подрачје кое се карактеризира со голема густина на долини и клисури, кратки котлини кои се испресечени во варовничка, кварцитна и гранитоидна карпа.
Во геолошката структура на Шар Планина доминираат палеозојски метаморфни карпи со мал степен на отпор, што влијаело и на релјефните карактеристики на оваа планина. На некои места се забележуваат метаморфити (кварцити, мермери) кои се појавуваат во самиот релјеф (на пр. Лешница). На други места има пробиви на поцврсти гранитоидни карпи. Карбонатните карпи се појавуваат на околу 11% од површината на планината и се засегнати од карстификација.
Во однос на морфометриските карактеристики, планината се протега во должина од 75 km, на надморска височина помеѓу 470 метри во Полошката Котлина и 2747 метри на Титов Врв, главно во правец североисток-југ-југозапад-југ.
Еден од главните морфолошки елементи на Шар Планина е развиениот флувијален релјеф. Постојат многу долини во форма на буквата „V“ кои се формирани со интензивно вертикално всекување и има бројни клисури, некои со кратки кањонести сегменти всечени во многу цврсти карпи (варовници, кварцити, гранитоиди). Некои долини имаат флувио-глацијален карактер. Поради големата висинска разлика помеѓу планините до Полошката Котлина, надолжниот пад на реките е значителен, создавајќи реки кои се карактеризираат со бројни брзаци и водопади. Досега се евидентирани влезови на 10-тина пештери и неколку пропасти, главно во варовниците во долината на Пена.
Биодиверзитет - 5 Клима
Клима
Просечната годишна температура на воздухот на Попова Шапка (1780 метри н.в.) е 4,8 °C, просечниот максимум и минимум се 30,6 °C и -23,0 °C. Просечните количества врнежи во паркот во текот на годината се околу 700 mm, кои достигнуваат до 1250 mm на планините.